En 1999, Japón creó un comité en el marco del un organismo gubernamental denominado Organización de Comercio Internacional (Jetro, por su sigla en inglés), con el objeto de fortalecer las relaciones bilaterales con México. Posteriormente, dicho organismo publicó un informe donde concluía que, la negociación de un tratado de libre comercio (TLC) con México podría representar un instrumento para estrechar relaciones económicas entre los dos países.

El 5 de junio de 2001, el presidente de México y el primer ministro de Japón acordaron establecer un grupo de estudio conjunto, cuyo objetivo principal consistía en analizar la conveniencia de negociar un TLC bilateral.

El Grupo de Estudio Conjunto México-Japón sobre el Fortalecimiento de las Relaciones Económicas Bilaterales, compuesto de funcionarios de la administración, instituciones universitarias y representantes de sectores empresariales, celebró un total de siete reuniones de septiembre de 2001 a julio de 2002 y publicó un informe final en julio de 2002. Subsecuentemente, los gobiernos de Japón y México decidieron iniciar las negociaciones de un acuerdo bilateral que incluyó elementos de un TLC para fortalecer su relación bilateral y revitalizar sus economías.
El Acuerdo para el Fortalecimiento de la Asociación Económica México-Japón fue firmado el 17 de septiembre de 2004. Adicionalmente, se suscribió el Acuerdo de Implementación de conformidad con el Artículo 132 del AAE.