Por ser Países Bajos miembro de la Unión Europea (UE), las relaciones comerciales entre Colombia y este país se manejan a través de este bloque. Desde el 2005, la UE otorga a Colombia, entre otros países en desarrollo, preferencias arancelarias para el acceso de sus exportaciones por medio del Sistema General de Preferencias (SGP Plus).

El SGP Plus busca incentivar el desarrollo sostenible, la protección a los derechos humanos, la protección ambiental, la lucha contra las drogas ilícitas y el buen gobierno. Para este fin, la UE exige la implementación de 27 convenciones internacionales en esas áreas y cumplir con los requisitos establecidos en el Reglamento 732/2008 del Consejo de Países Bajos.

En noviembre del 2008, este bloque extendió estas preferencias al país andino por tres años más (2009-2011).

Para Colombia ha sido de gran importancia mantener estas preferencias, puesto que le ha permitido que el 22,6% de sus productos entren a la UE con un arancel muy bajo y en algunos casos de cero. En ese grupo se incluyen productos industriales, con una participación del 14,2% y productos agrícolas y agroindustriales, con el 8,5%.

En septiembre del 2007, se dio inicio a la primera ronda de negociaciones del Acuerdo de Asociación (AA) entre la Comunidad Andina (CAN) y la UE. En términos comerciales este Acuerdo pretende pasar de un régimen unilateral temporal a un régimen bilateral de largo plazo mediante la consolidación del Sistema SPG plus. Adicionalmente, en inversiones se busca obtener un tratamiento nacional y una apertura de mercados y reconocer las asimetrías que existen entre los dos bloques económicos y a partir de ello, crear un trato especial y diferenciado para las naciones con mayor desventaja, especialmente de Bolivia y Ecuador.

Luego de tres rondas, las negociaciones entre los dos bloques se suspendieron en junio del 2008, debido a diferencias entre los miembros de la CAN, especialmente por la oposición de Bolivia en incluir el tema de propiedad intelectual. Por tal motivo, Colombia y Perú solicitaron a la UE negociar bilateralmente con el bloque europeo.

Actualmente, Colombia espera la primera negociación de un AA con la UE que se llevará a cabo en entre el 9 y el 13 de febrero del 2009 bajo un nuevo esquema.

Esta nueva negociación abarca 14 mesas entre las que se destacan: compras públicas servicios, acceso a mercados, agro, propiedad intelectual, inversión, obstáculos técnicos al comercio, solución de diferencias, y normas técnicas, entre otras. Según el Ministerio de Comercio, Industria y Turismo de Colombia, está previsto que el TLC se haga en tres rondas, con el fin de realizar la última en septiembre del 2009.

Esta negociación es representativa para Países Bajos y Colombia, puesto que el país europeo es la nación con mayor demanda de productos colombianos. Entre enero y octubre del 2008, esta alcanzó USD675 millones y se incrementó en un 12,4%, en comparación con igual periodo del 2006.