Posteriormente, en 1994 aprobaron el Protocolo de Ouro Preto, un acuerdo adicional al Tratado de Asunción, en donde se estableció la estructura institucional del Mercado Común del Sur (Mercosur) y la dotó de personalidad jurídica internacional. Así mismo, se finalizó el periodo de transición y se adoptaron los instrumentos de la política comercial común que caracterizan la Unión Aduanera.

Los países miembros también constituyeron el Mecanismo de Consulta y Concentración Política, con el fin de consensuar las diferentes posiciones de la región en temas que van más allá de lo económico y comercial. En 1996, suscribieron la Declaración Presidencial sobre Compromiso Democrático en donde se incluyó el Protocolo de Adhesión de Bolivia y Chile.

En el año 2000, los miembros deciden continuar con su nueva etapa de integración por lo que se consolidan hacia la Unión Aduanera, lo cual implica la administración subregional de políticas comerciales, que significa que se dejan atrás las medidas unilaterales.

De igual forma, empiezan a trabajar en los siguientes tópicos:

• Agilización de los trámites en frontera.
• Convergencia del arancel externo común y eliminación del doble cobro del mismo.
• Adopción de criterios para la distribución de la renta aduanera de los Estados Partes.
• Fortalecimiento institucional.
• Relacionamiento externo del bloque con otros bloques o países

La entrada en vigencia del Arancel Externo Común (AEC) hace que las modificaciones de los niveles de protección de los sectores productivos sean consensuadas entre los cuatro países, para que brinde un marco de mayor previsibilidad y certidumbre en cuanto a la toma de decisiones.

En el año 2004, se fijaron las directrices para el proceso de transición hacia el pleno funcionamiento de la Unión Aduanera bajo la Decisión CMC Nº 37/05. Posteriormente, su reglamentación se aprobó con la Decisión CMC Nº 37/05.

La adopción de la Decisión implica avanzar en procedimientos que faciliten la circulación y el control de los bienes importados al territorio aduanero, el establecimiento de un mecanismo de distribución de renta aduanera y la eliminación de la multiplicidad del cobro del AEC.

Por lo tanto, se estableció el principio de los bienes importados desde el resto del mundo, que cumplan con la política arancelaria común, reciben el tratamiento de productos originarios del Mercosur, ya sea para su circulación dentro del territorio de los Estados Partes o para su incorporación a los procesos productivos.

Los órganos con capacidad de decisión son el Consejo del Mercado Común, El Grupo Mercado Común y la Comisión de Comercio del Mercosur.