La base fundamental de la Federación son los productores de café federados, quienes ejercen su dirección y orientación a través de:

• Los Comités Municipales: organizan y representan a los caficultores a nivel municipal y actúan como voceros de estos ante el Comité Departamental. Actualmente, en el país funcionan 340 Comités Municipales.
• Los Comités Departamentales: tienen a su cargo la organización y orientación del gremio y la ejecución de los planes y programas de ella en su departamento. En total, existen 15 Comités Departamentales de Cafeteros: Antioquia, Boyacá, Caldas, Cauca, Cesar-Guajira, Cundinamarca, Huila, Magdalena, Nariño, Norte de Santander, Quindío, Risaralda, Santander, Tolima y Valle, cada uno de los cuales produce más del 2 por ciento de la producción nacional de café.
• La Gerencia General: representa legalmente ante todas las autoridades de la República y del exterior. Es el ejecutor de los programas de la Federación. El Gerente General es nombrado por el Congreso Nacional de Cafeteros.
• El Comité Ejecutivo: es un organismo integrado por los miembros cafeteros del Comité Nacional que, con funciones permanente, se encarga, en asocio del Gerente General, de la gestión de los asuntos atinentes a aspectos gremiales.
• El Comité Nacional de Cafeteros: es la máxima autoridad de la Federación, para todo lo relacionado con la ejecución del contrato de administración del Fondo Nacional del Café. Está integrado por representantes del Gobierno Nacional y del Gremio Cafetero. Representan al Gobierno Nacional los Ministros de Hacienda y Crédito Público, Relaciones Exteriores, Comercio Exterior y Agricultura; el Jefe del Departamento Nacional de Planeación y el Gerente de la Caja de Crédito Agrario.
• El Congreso Nacional de Cafeteros: es la suprema autoridad de la Federación. Lo componen delegados elegidos por los Comités Departamentales.

• Organizar y sostener una activa propaganda científica en favor del café colombiano.
• Tomar las medidas necesarias para implantar en el país los mejores sistemas para el cultivo de la planta, para beneficio del fruto y para proteger tanto a los trabajadores como las plantaciones contra el peligro de las enfermedades propias de las zonas y climas cafeteros.
• Establecer por su cuenta almacenes generales de depósito, de acuerdo con la ley y el Gobierno, para que quienes se interesan por la industria y el comercio del café se beneficien con todas las ventajas de este tipo de entidades.
• Fomentar el establecimiento de tostadoras de café colombiano tanto en el interior como en centros importantes de consumo en el exterior.
• Enviar comisiones de expertos a los distintos países productores y consumidores de café a estudiar métodos de cultivo y beneficio, de venta, de propaganda para la difusión del consumo y principalmente a realizar investigaciones sobre posibilidades de una mayor extensión del cultivo y producción del grano que pueda afectar el porvenir del mercado mundial del café.
• Llevar estadísticas de la industria cafetera y mantener informados a los interesados en este comercio, en lo relativo a cotizaciones en todos los mercados; existencias en distintos centros; ventas efectuadas; prospectos de producción mundial de café, y, en general, todo lo que sea conveniente para la buena marcha de los negocios cafeteros.
• Encauzar las corrientes de exportación de café hacia los distintos mercados de todo el mundo y desarrollar un plan definitivo y práctico en beneficio de la industria cafetera colombiana.